학대피해아동쉼터는 만 18세 이하의 학대 피해 아동을 대상으로 하며, 원가정으로부터 분리돼 심리치료와 보호가 필요한 경우에 지원된다. 쉼터는 보호와 숙식 제공뿐 아니라 의복·생필품·일상생활 훈련·교육·심리·의료 등 통합적인 생활 지원을 제공하고, 아동이 신체·정서·심리·성·방임 등 다양한 학대 유형에 따라 맞춤형 보호계획을 수립한다. 신청은 아동이 보호가 필요하다고 판단될 경우 보호의무를 담당하는 지방자치단체(시·군·구) 아동보호전담공무원이나 아동보호전문기관에 입소 요청서를 제출하는 절차이며, 입소 의뢰서·아동카드·학대 조사 내용 등 기본 인적·학대 관련 서류를 함께 제출한다. 서류를 접수하면 국가아동학대정보시스템에 사례가 등록되고, 쉼터에서는 일주일 이내에 서류를 검토·수령한 뒤 입소 여부를 결정한다. 입소 후에는 아동이 ‘아동 서약서·개인정보 제공 동의서·초상권 사용 동의서’를 작성하고, 생활·건강·교육 등 전반에 걸친 체크리스트를 기반으로 정기적인 재평가와 사후 관리가 이루어진다. 신청자는 관할 구청 복지·보건 담당 부서나 아동보호전담관청(예: 아동학대전담공무원)으로 전화·온라인(복지·보건 포털) 또는 직접 방문하여 신청 가능하며, 급박한 상황일 경우 112나 지방자치단체 긴급 보호 전담기관에 즉시 신고·신청하면 1일 이내 긴급 임시보호 조치가 이루어진다. 최신 운영 매뉴얼(2024 년판)에서는 이러한 절차와 서류 항목을 구체화해 아동 보호와 빠른 입소를 지원하고 있다.